El Consejo Intergubernamental (CIG) es la máxima autoridad del Programa, correspondiéndole la definición de sus objetivos, resultados y actividades, así como el establecimiento de procedimientos y organización interna.

Está integrado por los/as representantes gubernamentales designados por los países adheridos. Dichas personas reciben el nombre de REPPI: Representantes de los países en los Programas e Iniciativas.

Los REPPI contribuyen y participan activamente en la gestión del Programa y en el desarrollo de las actividades, comprometiendo los recursos financieros, técnicos, humanos y materiales necesarios para su buen funcionamiento.

Los países iberoamericanos interesados en participar en el Programa Iberoamericano de Discapacidad, así como los gobiernos regionales y municipales de los mismos, podrán hacerlo a través del envío de la Carta de Incorporación a la Unidad Técnica del Programa.

Reuniones del Consejo Intergubernamental

El Consejo Intergubernamental se reúne de forma ordinaria, y con carácter presencial, al menos una vez al año. Además, celebra reuniones extraordinarias a petición de sus miembros.