O Conselho Intergovernamental (CIG) é a autoridade máxima do Programa, cabendo-lhe a definição dos seus objetivos, resultados e atividades, bem como o estabelecimento de procedimentos e a organização interna.

É formado pelos representantes governamentais que os países aderentes designam. Estas pessoas recebem o nome de REPPI: Representantes dos países nos Programas e Iniciativas.

Os REPPI contribuem e participam ativamente na gestão do Programa e no desenvolvimento das atividades, assumindo os recursos financeiros, técnicos, humanos e materiais necessários para o seu bom funcionamento.

Os países ibero-americanos interessados em participar no Programa Ibero-americano para a Deficiência, bem como os governos regionais e municipais dos mesmos, poderão fazê-lo através do envio da Carta de Incorporação à Unidade Técnica do Programa.

Reuniões do conselho intergovernamental

O Conselho Intergovernamental reúne-se de forma ordinária e com caráter presencial, pelo menos, uma vez por ano. Também celebra reuniões extraordinárias a pedido dos seus membros.